化石能確定地層的相對時代及劃分、對比地層；提供環境標志及確定和恢復古沉積環境；了解在成巖成礦中的作用。在地球的發展和演進中，不少類別的化石新舊更替及演化迅速，形成特征不同的類群。這些類群的古生物，在不同地史時期的沉積中，可形成不同的化石群或化石組合，成為確定地層時代和劃分地層的重要依據。

　　化石能提供環境標志，判斷和恢復古沉積環境。如浮游有孔蟲，放射蟲，牙形刺等僅產于海相沉積中；如中，新生代的輪藻，某些介形蟲和硅藻僅產于陸相的淡水沉積中；某些底棲有孔蟲和介形蟲及少數的輪藻，產于濱海的邊緣環境的半咸水沉積等等。這些不同類別的古生物在其生存期間，對于水域的溫度，鹽度，深度，渾濁度和沉積底性等都有一定的要求。通過對各類化石群落或化石組合的古生態分析并結合古沉積學的研究，用將今論古法的推測方法，便可判斷和恢復古沉積環境。如已查明我國渤海灣，黃海，東海和南海都形成于新生代，在第三紀時，由于氣候干熱和海進的影響，我國東部沿海地區形成大量的咸水，半咸水沉積，這種環境為形成豐富的石油資源創造了條件。這都是利用微體古生物學的研究成果。

　　在成巖成礦中的作用，生物（包括微古生物）不僅可以形成燃料礦產，如煤、石油、天然氣、油頁巖等，還有某些金屬硫化礦床、磷礦、硅藻土，而且還可形成自然硫、各種鐵礦、錳礦、鈾礦、鋁土礦等礦產。許多生物都有富集成礦元素的作用，如某些海生生物體中金的含量為海水的830倍，銅 為3700倍，鋁為267000倍。另一些微體生物雖然不能成礦，但可以指示找礦的方向或是確定含礦層的位置等 。

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