礦山生態修復決不僅僅是自然生態系統的修復，還要考慮與自然生態系統相匹配的經濟、社會系統的修復。
    第一，礦山環境治理恢復保證金制度適用范圍不夠寬。目前全國多數省已經建立礦山環境治理恢復保證金制度，均規定保證金只適用于新建礦山企業，或新礦山開發新產生的破壞。而對于歷史遺留的礦山環境治理與生態恢復成本仍然納入保證金的范疇。
    第二，現行礦產資源補償費沒有體現生態環境補償的政策含義。我國礦產資源補償費的開征目的是為了保障和促進礦產資源的勘查、保護與合理開發，維護國家對礦產資源的財產權益，僅僅將資源補償費作為調整國家和礦產資源開發利用者之間的經濟利益關系的手段。因此，國家將補償費的開支主要集中于礦產資源勘探成本補助上(不低于70%)，并適當用于礦產資源保護支出和礦產資源補償費征收部門經費補助預算，而環境治理和生態恢復所需要的資金沒有納入補償費的支出范圍。
    第三，礦產資源補償費征收標準過低，未能隨礦產資源價值、市場情況變動。中國的石油、天然氣、煤炭、煤成氣等重要能源的補償費都只有1%，而國外石油天然氣礦產資源補償費征收率一般為10%至16%，即使是美國這樣一個礦產資源遠比中國豐富的國家，其石油、天然氣、煤炭(露天礦)權利金費率也高達12.5%。
    第四，礦山環境治理與生態恢復中央專項資金資助范圍有限，資金總量小，地方配套困難。當前，中央礦山環境治理的專項資金來源主要是礦產資源補償費和礦權使用費與價款，但是中央下達的專項資金估計只占三項收費收入的10%-20%，占礦山歷史所創利稅的1%，可見總體投資量不大。相對于老舊礦山環境治理和生態修復實際資金需求，中央投入的資金遠遠無法滿足需要。此外，礦山環境治理與生態恢復中央專項資金要求地方政府和企業配套，但由于有的地方政府和企業財力有限等原因，實際到位配套率不高。
    第五，部門經費整合效果不佳，部門間協調難度大。礦區生態破壞問題不單純是土地破壞問題，還涉及污染和森林植被破壞等多個方面。我國《森林法》、《土地復墾條例》、《水土保持法》、《土地管理法》以及《環境保護法》均規定了各級政府和礦山企業對礦山環境和生態恢復的法律責任，并賦予了林業、土地、水利、環保等部門依法收取相關費用(如植被補償費等)的權力。但是，從礦山環境治理和生態恢復的資金來源的實際情況看，目前只有國土資源管理部門一家“孤軍奮斗”，其他部門基本上置身度外，沒有為礦山環境治理和生態修復工程提供過應有的資金支持。

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